La ANCCE es la encargada del desarrollo del Programa de Mejora Genética del caballo de Pura Raza Española tras su aprobación por el Ministerio de Agricultura, Pesca y Alimentación en el año 2004, [Programa de Mejora] bajo la Dirección Técnica del Grupo de Investigación MERAGEM.

El objetivo principal es la mejora de la morfología, conformación y funcionalidad del caballo de PRE. Para llevar a cabo este objetivose realizan controles de rendimientos y se [valoran genéticamente] los ejemplares para cada una de las aptitudes contempladas en el Programa de Mejora: La Doma Clásica  y  la Aptitud Morfología para la Doma Clásica.  Tras la valoración genética anual, el Grupo de Investigación MERAGEM remitirá a la Asociación de Criadores los resultados de las valoraciones genéticas, señalando los ejemplares que hayan obtenido alguna de las categorías genéticas (Joven Repproductor Recomendado, Reproductor Mejorante o Reproductor Élite).

Esta información se publicará en los diferentes medios de difusión de la Asociación de Criadores como en un Catálogo de Reproductores con objeto de difundir las cualidades genéticas de estos animales a los ganaderos, técnicos y simpatizantes de la raza para que se consiga la máxima difusión de la mejora por toda la cabaña del PRE y el máximo progreso genético en el menor tiempo posible. Estas actividades están encuadradas en el Programa de Difusión de la Mejora.